弘治四年（1491年）二月，改刑部左侍郎。三月，闵珪升任都察院右都御史（一作右副都御史）、总督两广军务，兼理巡抚，与总兵官毛锐出兵镇压古田僮族起事。副总兵马俊、参议马铉自临桂（今属广西桂林）深入，兵败战死，官军撤退。孝宗下诏停发闵珪等人的俸给，命闵珪等平叛赎罪。闵珪重新进兵，连破七寨，余党全部就擒。

此时，安南使臣向明廷控诉龙州土司阻断使团自凭祥入贡的道理，孝宗命闵珪处置此事。闵珪认为双方各有罪过，一方面告诫安南方面不得夹带私货入贡，另一方面要求龙州土司不得阻扰安南进贡。由此，一场纷争得以平息。在两广时，他还开通了运销食盐的场所，使军储得到充实。同时设立了定顺长官司。

弘治七年（1494年）七月，闵珪请求致仕，不被允准。十一月，闵珪被改授为南京刑部尚书。期间负责删定刑律，为后世所遵行。

弘治九年（1496年）四月，再度入朝，改任都察院左都御史，掌都察院事。

弘治十一年（1498年）二月，皇太子朱厚照出阁读书，闵珪加官太子少保。

弘治十二年（1499年）三月，出任殿试读卷官。十二月，闵珪再次请求致仕，仍不被允准。

弘治十三年（1500年）五月，闵珪接替白昂任刑部尚书。七月，加太子太保。他与都御史戴珊奏陈有关时政的八条建议，又奏议关于刑狱的四条建议，大多得到孝宗允准。

弘治十五年（1502年）三月，第二次担任殿试读卷官。

弘治十七年（1504年），加柱国。

弘治十八年（1505年）三月，第三次担任殿试读卷官。

正德元年（1506年）五月，闵珪因年过七旬，数次上疏请求致仕，明武宗均不许。待到宦官刘瑾掌权后，罢斥九卿，吏部尚书韩文等均遭贬谪。闵珪见状，再度请辞，最终于正德二年（1507年）二月以少保致仕，并获赐驰传归家。

正德六年十月十五日（1511年11月5日），闵珪逝世，享年八十二岁。获赠太保，谥号“庄懿”。

闵珪自入仕后，屡次镇抚地方，颇有治绩：在广东按察使任上，他在解决民讼、平息民乱方面取得一定的治绩；在巡抚江西时，不避权贵，打击盗患；总督两广时，主持镇压古田僮族起事，并羁縻属国，安抚土司，维护边境稳定。

闵珪一生四任刑官，于执法议狱时情理兼顾，以仁恕为务：

朱祐樘：

朱厚照：“卿累朝耆宿，誉望素著。”

李东阳：“公起西浙，出入内外台，历河洛、楚粤、燕蓟之墟，累南北曹正，佐领兵刑风宪之职，以至今官，可谓甚劳。……公之寿固天下所望，实同年之重也。……公之检身持法，正而不激，明而不刻，悆久而不为变故。”

王鏊：

杨廷和等：“珪敦朴质直，器度博大，扬历中外，不矫不随，盖亦一代之钜人长者也。”

萧良：“历事英、宪、孝、武四庙，勋伐灼灼，著于父老，屈指名臣者，犹习闻之。”

王世贞：

凌迪知：“珪刚直端庄，侃侃持正，为时名臣。”

谷应泰：“当是时，冰鉴则有王恕、彭韶；练达则有马文升、刘大夏；老成则有刘健、谢迁；文章则有王鏊、丘濬；刑宪则有闵珪、戴珊。”

林时对：“本朝一代伟人，皆吾浙产也。……然吾浙实多名臣硕彦，……经济则有嘉兴项襄毅忠、仁和胡端敏世宁、兰溪唐文襄龙、桐卢姚庄敏夔、乌程闵庄懿珪、常山樊清简莹、乌程潘司空季驯、平湖陆庄简光祖、山阴朱司马元爕。”

纪昀等：“盖珪老成持重，治狱平允，为当代名臣，后以不阿刘瑾告归。”

潘明福：“闵珪乃明代湖州籍名臣，一生屡按数省，四任刑官，平叛抚民，政绩卓著。为人刚直，治狱严正，为 人所称道。”

闵珪为官清正，曾告戒子孙后代，购置田产，不得超过五百亩。

按照旧例，每次上朝由通政司奏事时，各衙门单独承旨，唯有刑部、都察院同为法司，需要并立候旨。如果皇帝说“法司知道”，应由刑部、都察院一同跪拜奉旨。如果只说“刑部知道”，那么只需刑部尚书承旨。如果说“都察院知道”，则应由都察院长官承旨。但明孝宗声音较小，在宣旨时大臣如果出现混听的情况，则应上奏认罪。在闵珪任都察院左都御史兼掌院事时，刑部尚书是白昂。白昂比闵珪小五岁，上朝候旨从未有过差错，但闵珪却屡屡听错旨意，只是孝宗每每宽赦，才免于认罪。一次，在甲申进士的同年宴会上，李东阳当面调侃闵珪道：“今天早上年兄怎么又出差错了？”闵珪回答：“我一时听不清。”李东阳继续道：“白公（白昂）只有一只耳，怎么能听得清？年兄您有两只耳，为何听不清？”众人听罢，都感到吃惊、不解。李东阳只是慢慢解释说：“‘刑部’二字中只有一只耳（指‘部’的偏旁‘阝’），‘都察院’不是有两只耳（指‘都’‘院’各有偏旁‘阝’），那是有几只？”举坐被逗笑，深表认同。

弘治十六年（1503年）三月二十五日，时任南京户部尚书的王轼入朝，与同年十人在闵珪宅第聚会，遂请画工在闵府达尊堂绘制了《甲申十同年图》，以作纪念。画面共分三曹，自右端卷首起，依次为时任南京户部尚书王轼、吏部左侍郎焦芳、礼部右侍郎谢铎、工部尚书曾鉴、刑部尚书闵珪、工部右侍郎张达、都察院左都御史戴珊、户部右侍郎陈清、兵部尚书刘大夏及谨身殿大学士李东阳。由于聚会前夕焦芳赴湖南公干，实际与会者九人。聚会除宴饮唱和之外，还绘图纪念，众人“皆画工面对手摹，得其形模意态”，焦芳也事先预留下旧稿。因此图中每人的相貌均为真实的写照。画作共绘制了十份，藏于各家。今仅存孤本，为闵家所留，清嘉庆年间由法式善获得，流传至今，存于故宫博物院。

关于闵珪的相貌，通过下图可知。当时闵珪七十四岁，左手携牙牌，右握带，在中左坐，李东阳称其“虎头方面，大目丰凖，须髯微白而长”。

弘治十二年（1499年），吏部尚书屠滽、户部尚书周经、御史佀钟三人同值六十寿辰，闵珪与吴宽、屠滽、周经、王继、佀钟、秦民悦、许进、李孟旸、顾佐诸僚共聚周经宅院置酒庆贺，由画家吕纪、吕文英二人绘《竹园寿集图》以记其事。

闵珪著有《闵庄懿集》8卷（据《四库全书总目提要》，《千顷堂书目》作《闵庄懿公集》10卷）传世。该集主要为诗集，其中以七言律诗为主，“大抵皆酬赠之作”。

（表格参考资料）

闵珪死后，葬于家乡乌程（今属浙江湖州）的金盖山。