1995年，饶子和在《Nature》上首先发表了艾滋病毒基质蛋白SIV-MA的晶体结构，并首次提出HIV及其家族分子的装配模型。

1996年9月，饶子和回到中国，进入清华大学生物科学与技术系工作，担任教授、博士生导师、实验室主任（2000年8月）。

1999年，饶子和担任清华大学生物物理与结构生物学研究所所长。

2000年8月，饶子和担任清华大学蛋白质科学教育部重点实验室主任（至2003年3月）。

2001年6月，饶子和加入中国共产党。

2003年3月，饶子和担任中国科学院生物物理研究所所长和系统生物学研究中心研究员、生物大分子国家重点实验室主任（至2007年3月）。

2004年，饶子和担任清华大学生命科学与医学研究院副院长。

2006年3月，饶子和进入中央党校地厅级干部进修班学习（至2006年7月）。5月26日，开始担任南开大学校长（副部长级）。12月19日，担任天津市国际生物医药联合研究院首任院长。

2007年3月，饶子和担任南开大学校长（副部长级）、党委常委、南开大学滨海学院校长（至2011年1月）。

2011年1月，饶子和担任天津市第十二届政协副主席、党组成员。5月，当选为牛津大学赫特福德学院（Hertford College）Senior Fellow。11月2日，饶子和当选国际纯粹与应用生物物理学联合会（IUPAB）主席，成为该组织自1961年成立以来的首位华人主席。

2014年2月，饶子和当选天津市科学技术协会第八届委员会主席。

2021年，饶子和当选欧洲科学院（Academia Europaea）院士。

他的研究涉及众多新发、再发人类疾病病原体，例如流感、严重急性呼吸系统综合症 (SARS)、人类免疫缺陷病毒 (HIV)、甲型肝炎病毒(HAV)、手足口病毒(HFMDV)、寨卡病毒（Zika Virus）及埃博拉病毒（Ebola virus），他的研究在了解病毒生命周期机制方面取得了突破性进展。。

饶子和在《Nature》上发表了SIV-MA的晶体结构，首次提出HIV及其家族分子的装配模型；在《Cell》上发表了HFactorⅨEGF-likeDomain与Ca2+结合复合物的结构与功能研究结果，揭示了该复合物的生物学机理。在2003年SARS爆发期间，成功地解析出第一个SARS病毒的蛋白质－3CLPRO及其与抑制剂复合物的晶体结构，为抗SARS药物的发现奠定了重要的结构基础，论文在PNAS上发表。其研究组已经系统地表达出200余个与人类健康密切相关的重要蛋白质，解析出50多个重要蛋白质的结构。

北京时间2019年10月18日凌晨，团队的第一项成果发表在国际顶级学术期刊《科学》（Science）：《非洲猪瘟病毒结构及装配机制》（Architecture of African Swine Fever Virus and implications for viral assembly）。饶子和、王祥喜、歩志高为共同通讯作者。

饶子和团队长期从事新发再发传染病病原体的三维结构研究和创新药物的研究，在流感病毒、SARS和新冠等冠状病毒、艾滋病病毒、甲型肝炎病毒、手足口病毒、疱疹病毒、非洲猪瘟病毒及结核分枝杆菌等重要病原体的机制研究方面做出了系统的创新性贡献。

新冠疫情期间，饶子和团队在病毒靶点机制研究、抗病毒药物、抗体和疫苗研究中取得系统性成果，在三大主刊上发表论文7篇，以及其他论文8篇，5个中和抗体和药物进入临床，积极参与国药和科兴灭活疫苗的研发工作，为新冠病毒研究和防控工作做出重要贡献。

2024年，南开大学生命科学学院教授贡红日和中国科学院院士饶子和团队研究揭示了治疗耐药结核病药物贝达喹啉（BDQ）及其衍生物TBAJ-587抑制结核分枝杆菌ATP合成酶的分子机理，同时揭示了它们与人源ATP合成酶之间的交叉反应机制。该项研究获得国家重点研发计划青年科学家项目、国家自然科学基金优秀青年科学基金项目等的资助，国际顶尖学术期刊《自然》在线发表了他们的研究成果。9月，中国科学院院士、清华大学教授饶子和，上海科技大学免疫化学研究所研究员、生命科学与技术学院助理教授王权，中国食品药品检定研究院研究员胡忠玉等团队联合攻关，成功解析了HBsAg的三维结构，为疫苗的优化、中和性抗体构效关系的理解提供了重要依据，有望推动乙肝治疗进入新阶段。

截至2018年4月，饶子和在国际科学期刊上发表同行评审论文335篇，被引用逾12000次。

出版著作

期刊论文

Yuan S, Wang J-L, Zhu D, Wang N, Gao Q, Chen W, Tang H, Wang J-Z, Zhang X*, Liu H*, Rao Z* and Wang X*. Cryo-EM structure of a Herpesvirus capsid at 3.1 Å. Science. 2018 Apr 6;360(6384).

Qiu X, Lei Y, Yang P, Gao Q, Wang N, Cao L, Yuan S, Huang X, Deng Y, Ma W, Ding T, Zhang F, Wu X, Hu J, Liu SL, Qin C, Wang X*, Xu Z*, Rao Z*. Structural basis for neutralization of Japanese encephalitis virus by two potent therapeutic antibodies. Nat Microbiol. 2018 Mar;3(3):287-294.

Wang X, Ren J, Gao Q, Hu Z, Sun Y, Li X, Rowlands DJ, Yin W, Wang J*, Stuart DI*, Rao Z* & Fry EE*. The structure of hepatitis A virus and the origins of picornaviruses. Nature. 2015 Jan 1;517(7532):85-8.

Yuan P, Bartlam M, Lou Z, Chen S, Zhou J, He X, Lv Z, Ge R, Li X, Deng T, Fodor E, Rao Z* & Liu Y*. Crystal structure of an avian influenza polymerase PA(N) reveals an endonuclease active site. Nature. 2009 Apr 16;458(7240):909-13

He X, Zhou J, Bartlam M, Zhang R, Ma J, Lou Z, Li X, Li J, Joachimiak A., Zeng Z, Ge R, Rao Z* & Liu YF*. Crystal structure of the polymerase PA(C)-PB1(N) complex from an avian influenza H5N1 virus. Nature. 2008 Aug 28;454(7208):1123-6.

饶子和多次应邀在重要国际学术会议上作报告，还作为主席成功地组织了第一、二、三届“清华蛋白质科学国际会议”。

截至2012年10月，饶子和作为首席科学家或项目负责人承担并主持了包括国家“973”、“863”、“重大专项”、“自然科学基金”在内的多项重要科研项目。

饶子和认为：在某些科研领域，中国的科学家做出的工作，有的是世界领先的，但这些工作从本质上来说还是follow（跟随），对于指导科研方向的新理论、新方法、新技术这‘三新’的创新，中国几乎还是空白，这也是中国人拿不到诺贝尔奖的原因之一。因此，要像培养科研中的‘田径人才’那样，必须从‘娃娃’抓起，所说的‘娃娃’，指的是本科教育。

饶子和建议：一、落实高校办学自主权，实行正面、负面清单制度。二、建议尽快建立“管、办、评”分离的高校评估制度，“管”是政府对高校实行宏观管理；“办”是校长负责办学；“评”是调动社会组织承担起高校评估工作。三、建议国家尽快成立由相关专家组成的高等教育拨款委员会，让学校专注于提升教育教学质量，改变当前存在的学校“跑部钱进”现象。以上三个方面，归根结底是尊重教育发展规律，给高校松绑，向高校放权。管住政府“闲不住的手”，高校才能大显身手。给高校松绑，落实好办学自主权，相信中国会办出更多具有国际竞争力的大学，提高服务国家经济社会发展的能力，科教强国的目标才会早日实现。

中国科学院学部主席团成员。

饶子和在结构生物学领域取得了一系列重要的原创性的研究成果，主要研究方向是与重要病毒和人类重大疾病相关的蛋白质结构、功能以及创新药物的研究，对HIV病毒、SARS病毒、禽流感病毒和膜蛋白的三维结构与功能的研究，在禽流感病毒聚合酶的研究中取得重大突破，率先揭示了流感病毒聚合酶关键部分PA亚基与PB1多肽复合体的精细三维结构，为抗流感病毒药物提供了理想的靶点，并且在SARS、乙型/丙型肝炎、HIV的靶点蛋白和配体分子相互作用方面也取得了可喜的进展，为药物创新和结构生物学研究的发展做出积极的贡献。（天津中医药大学评）