郭昌锦系郭氏汾阳堂麻阳县锦和（县前房）十六世后裔，1896年2月16日生于现湖南麻阳苗族自治县锦和镇。族谱记载，幼时“沉潜嗜书，志向远大”。1908年以最优等第一名毕业于邑城县立高等小学；1913年以甲等第一名毕业于湖南第九联合县立中学；1914年肄业于京师中国公学大学部第五期；1915年转入保定陆军军官学校学医。毕业后先在湘军中任军医，北伐时随国民革命军贺耀祖部进驻南京。

抗战前在南京陆军第一医院任上校院长，曾兼任甘肃省政府卫生顾问。1936年编著出版“战时卫生勤务令草案之研究”（军用图书社印）。该书系统地规定了战时各种卫生勤务的组织、任务及职责；阐述了红十字会的卫生勤务，介绍红十字国际公约和中华民国红十字会管理条例。说明对当时军事医学已有较深入的研究，并初步形成了中国军队的军事医学系统。抗战初期在第二战区（山西）任少将军医视察员，军医署驻晋办事处（后改军医署第八办事处）处长，先后驻河南渑池县和西安市。1941年在卫立煌、章士钊等赞助下，动用部分建陆军休养院的款项主持重修古“秦赵会盟台”。他与卫立煌各自撰写“重建会盟台记”和“重修秦赵会盟台记”，与章士钊的词“唐多令 景蔺”（见后）一起镌刻在锥形碑塔四面。此举借故喻今，激励军民抗日斗志。任职期间与中共八路军办事处（滕代远）公务交往密切。1945年初转入预备役，1947年正式退役。军中最高职务为少将衔陆军军医监（国民党军医最高职务为军医总监，中将衔）。