北宋初年，宰相薛居正奉诏纂修《五代史》，其后欧阳修以个人之力撰成《五代史记》，五代史遂有“新”、“旧”之分。元明以后，薛史流传渐希，“传本亦渐就湮没”。所幸明初纂修《永乐大典》，曾有收录，但由于《大典》编纂采取“用韵以统字，用字以系事”的体例，故而《旧五代史》各篇内容，均分散系于各韵各字之下。

邵晋涵首先从《大典》各韵各字之下收录的浩繁资料中，逐一检出有关薛史的内容篇章，再根据其中列传文字，参考宋晁公武《郡斋读书志》等相关记载，确定薛史“于梁、唐、晋、汉、周断代为书”的体例，然后“甄录条系，排纂先后，检其篇第”，于是薛史一书（指《旧五代史》）遂“得十之八九”。在此基础上，进而参考《册府元龟》《太平御览》《资治通鉴》《五代会要》《契丹国志》《北梦琐言》诸书，补充阙略之处。若有“字句脱落，音义舛讹”者，则据两宋时期征引薛史之书，如《通鉴考异》《通鉴注》《太平广记》《玉海》《容斋五笔》《青湘杂记》《职官分记》等，“参互校订”，以臻详备。至于“史家所纪事迹，流传互异，彼此各有舛误”，则“据《新·旧唐书》《东都事略》《宋史》《辽史》《续通鉴长编》《五代春秋》《九国志》《十国春秋》及宋人说部、文集与五代碑碣尚存者，详为考核，各加案语，以资辨证”。对薛史与欧史之间记载互异之处，亦“悉为辨证，详加案语，以示折衷”。终于纂成《旧五代史》150卷，使亡佚百年之久的古书复行于世，得到学者的一致称赞，被公认为《永乐大典》辑本的代表作。

邵晋涵自幼好学，博览群书，无论严寒酷暑，或外出旅行，从无片刻辍书不读。28岁，即乾隆36年（1771年）中进士，历任翰林院侍读，入四库全书馆，主持《四库全书·史部》的选录和评论，授编修，擢侍讲学士，参加纂修《续三通》、《八旗通志》等书。

邵晋涵清赢善读书，四部七录，靡不研究，尤长于史。钱大昕曾言曰：“言经学则推戴吉士震（即戴震），言史学则推君。”他不仅学识渊博，且过目不忘。《四库全书》总裁向他请教某些史实，他能明白无误地说出在那一本那几页，受到同僚们的钦佩。他以在史馆任职的有利条件，从《永乐大典》中辑录《旧五代史》，又从《册府元龟》《太平御览》《通鉴长编》等书中博采史料，按照原目，编排成书，使淹没数百年的重要史籍，得以重行于世。

邵晋涵熟识前明掌故，凡涉及前明史实，总是极力称赞同乡先贤王守仁、黄宗羲以及刘宗周的为人和学识，每每引为榜样，并慨然以浙东史学派自任。他还有志于重修宋史，曾仿效宋王偁《东都事略》，撰《南都事略》，叙述南宋历史，未竟而卒。相传，邵晋涵写的这部书，史实比《宋史》更为丰富，可惜随着邵晋涵的过早谢世，遗稿散失，令后世深为惋惜。邵晋涵在世时还为毕沅审定《续资治通鉴》，但刻书时未及据以改正。

邵晋涵博闻强记，涉猎百家，无书不读，尤能追本求源，实事求是。他长于经学，精《三传》及《尔雅》，以郭璞《尔雅》为宗，兼采汉人旧注，撰《尔雅正义》20卷，为研究训诂学的重要著作。此外，还有《旧五代史考异》《南江札记》《孟子述义》《南江诗文钞》《韩诗内传考》《谷梁正义》《皇朝大臣事迹录》《方舆金石编目》及《輶轩日记》等著作传世，均《清史列传》并传于世。

邵晋涵的诗歌造诣也较高，清新自然。他写的《姚江棹歌》脍炙人口：

决决鸣泉谡谡风，中天白月照乌篷；

不知何处秋声起，一路松涛碧涧中。

阮元：（邵晋涵）经学、史学并冠一时，久为海内共推。

钱大昕：言经学则推戴吉士震（戴震），言史学则推君。

洪亮吉：于学无所不窥，而尤能推求本源，实事求是。

王昶：浙东自明中叶王阳明（王守仁）先生以道学显，而功业风义兼之；刘念台（刘宗周）先生以忠直著，大节凛然；及其弟子黄梨洲（黄宗羲）先生覃研经术，精通理数，而尤博洽于文辞。君生于其乡，宗仰三先生，用为私淑，故性情质直贞亮，而经经纬史，涉猎百家略能诵忆。