在无羊膜类成体也具有完整的软颅（圆口类、板鳃类、全头类、肺鱼类）或者只在胚胎和幼体时期具有软颅，在成体具有骨性的颅骨（鱼类、两栖类）。颅骨一般分脑颅和咽颅，前者以生于脊索前端左右的副索软骨和其前方、脑的左右所生的小梁软骨为主要成分。在此上附加以包围感觉器原基的鼻囊、耳囊等。软骨的外侧，鼻囊与耳囊所挟的部分是眼窝，咽颅是以颌孤、舌弧、鳃弧为基本成分而形成的，颌弓变成腭方软骨以及下颌软骨。根据在两栖类所作的实验研究，这些软骨的大部分是由来自神经褶的间充质所构成，只有耳壳是由原来起源于中胚层的间充质分化而成。而在组织学上属于玻璃软骨，有的实验显示了从间充质分化成软骨之际，内胚层的存在是重要的因素。