1175年，被阿富汗中部的古尔王朝占领，后归属阿拉丁·摩诃末的花剌子模帝国。在这时期，赫拉特发展成为金属品制造业的中心，尤以镶金银的铜器闻名。

1221年，成吉思汗四子拖雷攻破赫拉特，拖雷下令大屠杀，杀一万余人。随后赫拉特背叛，蒙古将军宴只吉带在进行了6个月的围攻之后，于1222年6月14日再次攻占该城，赫拉特遭遇屠城浩劫，按波斯历史学家的说法，丧命者有200万之多，这当然是言过其实，当时聚居城中的人可能在35万到50万之间，其中包括城外逃来的难民。在蒙古人大屠杀之后，生还仅四十余人；这场屠杀整整占用了一周的时间。

1345年—1381年，此地成为卡尔提德王朝的一部分。

1381年，赫拉特又再度遭遇大屠杀浩劫。突厥人帖木儿攻陷赫拉特后，采取了成吉思汗式的屠城方针。帖木儿令四子沙哈鲁为赫拉特总督。

1405年，帖木儿死，沙哈鲁登上帖木儿帝国皇帝宝座，立赫拉特为首都。沙哈鲁皇帝悉心建设赫拉特，终于将它建设成为一个媲美撒马儿罕的美丽城市。

1413年，沙哈鲁王遣使么赉到中国朝贡；同年明成祖派遣中官李达、吏部验封司员外郎陈诚等9人使团出使帖木尔帝国，访问赫拉特。

15世纪末叶，古哈尔沙德女王营建带双尖塔的穆塞拉伊斯兰教清真寺。古哈尔沙德陵被认为是帖木儿帝国的代表性建筑之一。

1837-1838年，恺加王朝沙阿穆罕默德·沙在沙俄支持下发动了赫拉特围困战，派遣3万大军攻打英国人庇护下的赫拉特，围城十个月后因英国威胁而撤退。

1405年帖木儿临终时，封第四子沙哈鲁于此，后建为首都。明永乐帝朱棣曾遣使通帖木儿帝国，沙哈鲁亦派使访明。赫拉特有些古建筑上还留有中国式的图案。这里清真寺布满全城。始建于11世纪初著名的贾米清真寺，经15世纪重建，可容8万人同时礼拜，是世界上最大的清真寺之一。清真寺北门后有豪华的古尔王朝皇帝的陵墓。城郊有帖木儿帝国苏丹·侯赛因·拜卡拉创建的伊斯兰教经学院，4座尖塔高耸挺拔，为本城的标志之一。城西的郭瓦沙古学府系沙哈鲁之后裔建于1420年，历经22年完工，现只剩废墟，但遗存的高塔六柱，外层以蓝绿琉璃瓦镶嵌，规模宏伟。东北郊的加扎尔加赫有一座苏菲派修道院，内有11世纪苏菲派诗人阿卜杜拉·安萨里的大理石墓，是著名的苏菲派圣地。西北郊有古哈尔·沙德皇后陵墓和6座尖塔。从皇后陵北行不远，还有苏菲派诗人贾米的陵墓，也是该城的主要古迹。城北以15世纪波斯艺术家的名字命名的比扎德公园，有500年历史。园中有帖木儿儿媳古哈尔·沙德的陵墓，建造精巧，蓝色拱顶别具一格。