少时到侯官（今福建福州），跟随林玭学习《易经》，尽得其关键。

成化十三年（1477），考中乡试第一名。

成化二十年（1484），考中进士，请假归乡讲学。后参加谒选，任礼部祠祭司主事。吏部尚书王恕看重蔡清，调任他为吏部稽勋司主事，询问他时事。蔡清于是上二札：一请振纪纲，一荐刘大夏等三十余人。得到王恕采纳。庶吉士邹智贬官岭南，蔡清以诗送之。

丁母忧归乡，服阕，复除礼部祠祭司员外郎。请求便于赡养，改任南京吏部文选司郎中。一日心动，急忙请假养父，归家刚满两月，父亲去世，从此居家教书不出。

正德元年（1506），起任江西提学副使。宁王朱宸濠骄纵，遇到朔望，诸司先朝宁王，次日谒文庙。蔡清认为不可，先庙而后王。宁王过生日，令诸司以朝服贺寿。蔡清说：“非礼也”，去蔽膝而入，宁王不悦。宁王请求恢复护卫，蔡清在宁王背后非议。宁王欲诬陷他诋毁诏旨，蔡清于是请求休致。宁王假装挽留，且许诺将他的女儿嫁给蔡清的儿子，蔡清极力辞官归乡。刘瑾知道天下议己，用蔡京召杨时故事，起任蔡清为南京国子祭酒。命甫下而清已卒，