磷酸核糖焦磷酸是重要的代谢中间物，参与嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸的从头合成和补救合成、某些核苷酸类辅酶如辅酶I和辅酶II、以及某些氨基酸如组氨酸和色氨酸的合成。其在细胞内的浓度受到严格调控，且浓度一般较低。

磷酸核糖焦磷酸负责在下列反应中作为磷酸核糖基团的供体：

在嘌呤核苷酸的从头合成中，磷酸核糖焦磷酸受到谷氨酰胺：磷酸核糖焦磷酸氨基转移酶的催化，转变为磷酸核糖胺。