光绪二十一年（1895年），瞿鸿禨回京，补翰林院侍读学士。闰五月，奏请在西安建立陪都，以固国本。

光绪二十三年（1897年）二月，瞿鸿禨升詹事府詹事。七月署理刑部左侍郎，旋即简任江苏学政，擢升内阁学士兼礼部侍郎衔。

光绪二十四年（1898年）五月，武科改制下议，瞿鸿禨主张各道设武备分学堂，省设武备总学堂，京师设武备大学堂，学习地形、测绘、舆图、射击和制造枪炮等近代军事技术，分级考核。接着，又将江阴南菁书院改为高等学堂，并将书院所属沙田收回试办农学。同时又保举经济特科陈三立、屠寄、夏震武、丁立钧、汤寿潜、邹代钧、孙诒让等15人，附送江苏诸生6人。戊戌政变后，瞿鸿禨因这些活动几被株连，“以章疏中未显言保新党，得不问”。

光绪二十五年（1899年），瞿鸿禨补授礼部右侍郎，仍留学政之任。

光绪二十六年（1900年），八国联军攻入北京，慈禧太后与光绪皇帝仓猝西奔，抵太原后方决定驻跸西安，瞿鸿禨复请定都西安。闰八月，学差报满，瞿鸿禨因患头风请假回籍就医。因荣禄保荐，于九月授都察院左都御史，旋即迁官工部尚书，奉召入觐。

光绪二十七年（1901年）正月，瞿鸿禨抵西安行在。时西太后下诏变通政治，饬中外大臣各抒已见。瞿鸿禨应诏陈言整顿吏治、造就人才、变通军制、开浚财源四条，并提出保护教堂、预防教案办法。西太后认可其说，遂于四月命在军机大臣上学习行走，旋又任政务处大臣。行在人少事繁，瞿鸿禨办事缜密勤敏，拟诏称旨，承担了大量政务，且“持躬清刻”，得到了慈禧太后与光绪皇帝的特殊信任。六月，总理衙门改为外务部，瞿鸿禨迁任外务部会办大臣兼尚书。两宫回京以后又充督办京津榆关铁路大臣，十二月充任会办路矿大臣，补授军机大臣。

光绪二十九年（1903年），瞿鸿禨派充会同户部办理财政大臣。光绪三十年（1904年），瞿鸿禨兼署吏部尚书。这年系慈禧七旬庆典，瞿鸿禨请大赦党人，以收人心。各地以兴办新政，借端巧取，瞿鸿禨请降旨禁革苛派，任民间自办；户部正杂诸款供地方正用，宫中用费量入为出，裁汰内务府冗员。

光绪三十一年（1905年），湘、鄂、粤三省人民要求废除中美《粤汉铁路借款续约》，收回自办，瞿鸿禨积极支持，“电令驻美公使与美政府直接交涉”，终于收回了粤汉路权。

日俄战争结束后，朝野纷纷要求效法日本，实行君主立宪制。清政府派大臣出洋考察各国政治，瞿鸿禨自请出使，不被允准。后与奕劻、袁世凯一起被派与日本谈判订立《中日会议东三省事宜条约》。

光绪三十二年（1906年）夏、秋间，出使各国考察政治大臣相继回国，清政府根据考察结果，权衡利弊，决定实行预备立宪，先行改革官制，在朗润园设编制馆，派载泽等编纂官制，庆亲王奕劻、孙家鼐、瞿鸿禨总司核定。编制馆中直隶总督袁世凯亲信众多，“王、公、尚、侍望风而靡”，袁世凯设责任内阁制的主张占了上风，瞿鸿禨虽“于席每抗辩”，但无济于事。最后议决的新官制设内阁总理一人，协理二人；分设11部；添设资政院、集贤院、审计院；改礼部为典礼院，大理寺为大理院，保留都察院。

决议案经复核官制大臣上奏时，瞿鸿禨附上了《复核官制说帖》，认为中国官制之弊“不在法，而在行法之人”，主张保留军机处。在上下议院未设、地方自治未行的情况下，“先行立宪之官制，其势必多扞格”。九月二十日的上谕采纳了瞿鸿禨的意见，否定了朗润园会议的方案，是年，瞿鸿禨被授为协办大学士。

光绪三十三年（1907年），瞿鸿禨一派与野心勃勃的袁世凯集团发生了激烈的冲突。二月，瞿的门生汪康年在京设《京报》馆，攻击奕劻贪黩无能。三月，奕劻荐袁党道员段芝贵为署黑龙江巡抚，瞿鸿禨、林绍年“皆力争其不可而不能得”。于是，瞿鸿禨又援引慈禧太后的宠臣岑春煊入京觐见，授邮传部尚书。岑春煊未到任即劾罢袁世凯的同党邮传部左侍郎朱宝奎。御史赵启霖又奏劾段芝贵夤缘无耻，买天津歌妓杨翠喜献给奕劻之子载振，并曾以十万金为奕劻祝寿，得署黑龙江巡抚一职。段芝贵因而被免职，载振也不得不辞去农工商部尚书之职。岑春煊将代袁世凯任直隶总督的消息同样时有传闻。

奕劻认为这些均系瞿鸿禨幕后指使，乃与袁世凯相谋，于四月十八日（5月29日）入宫独对，以瞿鸿禨曾“力举康梁，并请解党禁”和岑春煊入京保举翁同龢门生张謇为据，向慈禧太后说明瞿、岑联合掀起政潮，目的在于通过打倒奕劻、袁世凯而翻戊戌旧案。慈禧因此疑心重重。奕劻随即建议以岑春煊代周馥为两广总督，挤岑出京。接着，又企图排挤林绍年出军机处，任度支部右侍郎。经瞿鸿禨力请，慈禧太后才同意林无庸到任，仍在枢垣当值。

当载振奏请辞职之时，慈禧不允，奕劻曾以“去就相争”，瞿鸿禨因密奏载沣可继。不久，《京报》、英国《泰晤士报》相继发表奕劻将要出军机的消息。其消息来源据说是汪康年夫人得自瞿夫人处，而由汪揭诸报端；曾广铨则转告英国记者莫理循。消息传出，“庆邸（奕劻）知之大惧，谋于项城（袁世凯）。项城告英吉利国公使朱尔典令其夫人入觐，伺间启白：‘庆亲王在军机办事甚好，何以将令出军机？’孝钦云：‘无之。’夫人因引《京报》言为证，孝钦悟由善化（瞿鸿禨）泄之，已怒矣。”奕劻、袁世凯见机行事，指使杨士琦草拟奏章，密缮封之，以20000两白银贿买御史恽毓鼎，于五月初六日（6月16日）奏劾瞿鸿禨“暗通报馆，授意言官，阴结外援，分布党羽”，“请予罢斥”。次日，瞿鸿禨被“开缺回籍，以示薄惩。林绍年坚决要求派查，慈禧“哂而允之”。奉命查办大臣孙家鼐、铁良的复奏虽为瞿开脱，但大局已定，只得以“无庸置议”为请。

一般认为，在奕劻等的攻击下，瞿鸿禨被慈禧太后认为与康梁等存在瓜葛以及泄露高层人事机密，是他在丁未政潮中失败的主要原因。也有观点认为，列强的态度同样对丁未政潮的走向产生了重要影响。

瞿鸿禨斥退之后，立即离京回原籍，在家乡筑超然楼，与王闿运、王先谦等唱和，不与地方大吏通问。次年（1908年），光绪、慈禧相继去世，瞿鸿禨“感念知遇之隆，哭常出涕，忧伤之心，自是渐暴于外”。

宣统三年（1911年），长沙起义，瞿鸿禨避宁乡山中，旋即东下抵沪，以诗社为娱。袁世凯、黎元洪当国，先后征聘，瞿鸿禨力拒之。

民国七年（1918年）4月25日，瞿鸿禨卒于上海，葬杭州灵隐。清逊帝溥仪予谥文慎。

瞿鸿禨对清末政坛多有影响。政策上的影响，如庚子事变后，上疏请改八股为策论、开经济特科，悉允行；又参与筹划预备立宪等事。政局上，瞿鸿禨是奕劻与袁世凯结为盟友后，在中枢高层独立于奕劻等且得到慈禧太后信任的重要一人，并围绕是否废除军机处和大学士、建立内阁等问题与奕劻等发生冲突。但瞿鸿禨等最终在丁未政潮中失败，瞿鸿禨本人及盟友林绍年、岑春煊、汪康年等接连受到打击，袁世凯的政敌铁良亦随之被孤立。经过与瞿鸿禨的政争，奕劻、袁世凯等的实力得以巩固，为清末政坛后续走向埋下伏笔。

瞿鸿禨的诗“导源汉魏，晚益肆力杜韩欧苏”。晚年罢归长沙，与陈三立、沈曾植等过从甚密，其宗法杜陵与东坡，为诗神理有余，蕴藉而内敛。徐世昌《晚晴簃诗汇》选诗十首，并评价：“诗条达周密，犹有乾嘉前辈矩矱。”陈衍也称赞其诗“条达妥贴，完好者不胜录”。诗如《岁晏盛寒泊园枉过纵谈有感》，造境瑰奇，佶屈聱牙，以古文之法写律诗，气势宏大，意境高古。又如《法相寺古樟》，选景已是奇特，首句“掀天古樟老气凝，屈铁作干嵌金绳”，似乎让人想起锺惺《玉泉寺铁塔歌》“五金惟铁最顽劣”。其看似写古樟，实则有所寄托。其他如《理安寺》《泛西溪至交芦庵》《樊山有诗留别同社索和与乙庵同次原韵》等。

朱尔典：心胸狭窄的迂夫子。

刘体智：庆邸当国，项城遥执朝权，与政府沆瀣一气，所不能达者，惟善化瞿相一人。

赵尔巽等《清史稿》：①鸿禨持躬清刻，以儒臣骤登政地，锐于任事。②鸿禨后起，参议立宪，终以失宠太后，不免放斥。

父：瞿元霖

妻：吴氏，傅氏

子：瞿宣聪（殇），瞿成官（殇，以上吴氏所生）；瞿宣朴，瞿宣芬（殇），瞿宣治，瞿宣颖（以上傅氏所生）

女：四人，吴氏所生者一人，傅氏所生者三人，截至1919年已先后过世

孙：瞿同祖，瞿强，瞿昭旂；孙女三人（截至1919年）

瞿鸿禨一生著述颇丰，主要有《使豫日记》《使闽日记》《圣德纪略》《儤直纪略》《恩遇纪略》《旧闻纪略》《止盦年谱》《汉书笺释》《止盦诗文集》等。另辑录《越輶采风录》4卷。去世后，后人编有《瞿文慎公文存》，另有经过搜集但未及整理编定的《瞿文慎公遗稿》等。《清代诗文集汇编》（第773册）包含《瞿文慎公文存》1卷，据民国十五年石印本影印。其文集标点本，有谌东飚校点《瞿鸿禨集》（湖南人民出版社，2010）。

瞿鸿禨自订《止盦年谱》一卷（其子瞿宣颖续编一卷）

瞿宣朴、瞿宣治、瞿宣颖《先府君行述》（附载于《瞿文慎公遗稿》）

余肇康 《清故诰授光禄大夫经筵讲官军机大臣协办大学士外务部尚书瞿文慎公行状》（载 《碑传集补》卷二）

陈三立《皇清诰授光禄大夫特谥文慎协办大学士军机大臣外务部尚书善化瞿公墓志铭》（载 《碑传集补》卷二）

赵尔巽等《清史稿》卷四三七

2003年电视剧《走向共和》 郑天庸饰瞿鸿禨