1990.12 与时任温州医学院院长李日千赴美国休斯敦参加第一届国际视光学大会并发言。

1993.08-2002.05 温州医学院副院长、科研处处长、党委委员。期间参加世界视光学学术会议，并在1995年世界视光学大会上报告眼视光的中国定义。

1998.09.30 温州医学院附属眼视光医院成立，担任院长。

2002.05-2015.09 温州医科大学校长（2002.05-2013.06温州医学院院长）、党委副书记。

2002年获美国新英格兰视光学院荣誉博士学位。

2013年获纽约州立大学视光学院荣誉博士学位。

2015.09-2020.11 温州医科大学眼视光学院、附属眼视光医院、生物医学工程学院院长。

2018年- 温州医科大学眼视光医院集团总院长。

2018年-北京大学医学部眼视光学院院长。

2020.11-温州医科大学眼视光医学部主任。

2021年8月1日，2021年中国科学院院士增选初步候选人名单公布，瞿佳位列其中。

2015年11月，免去瞿佳的温州医科大学校长职务。

国家眼耳鼻喉疾病临床医学研究中心主任

眼视光学和视觉科学国家重点实验室主任

国家眼视光工程技术研究中心主任

国家药监局眼科疾病医疗器械和药物临床研究与评价重点实验室主任

国务院学位委员会临床医学学科评议组成员（第7届、第8届）

教育部高等学校眼视光医学教育指导委员会主任委员

教育部近视防控专家宣讲团团长

中国老年医学学会副会长、眼科分会主任委员

中华医学会眼科学分会副主任委员

国家药监局医疗器械分类眼科专业组组长

中国医师协会眼科医师分会眼视光学专委会主任

中国半导体照明（LED）联盟健康专委会主任委员

浙江省高等教育学会会长

海南省真实世界数据研究院执行院长

中华眼视光学与视觉科学杂志主编

Eye and Vision杂志主编

主要研究方向为眼视光医学和视光学、近视的基础和临床防控研究、功能性眼病研究、眼科器械研发、眼科药械真实世界研究等。

瞿佳教授是我国眼视光高等教育的主要开创者，将眼科学与视光学整合，于1988年在温州医学院创建了国内首个眼视光学专业，1998年创立国内首家眼视光医院。引领全国二十余所高校开设眼视光相关高等教育专业。首创“眼视光学教育的中国温州模式”，受到了国际界高度肯定和赞誉。先后承担国家重大基础研究计划（973项目首席科学家）、国家自然科学基金重大项目等百余项研究工作。发表SCI论文200余篇，授权发明专利40项，出版教材及专著数十部。获国家科技进步二等奖2项，国家教学成果奖3项、获中华医学科技奖一等奖等省部级奖项10余项。

瞿佳教授从事临床、教学工作30余年，是我国眼视光学高等教育的主要开创者，他领导温州医科大学建设成为具有国内最完善眼视光学高等教育体系的院校，人才培养成果三次获得国家级教学成果二等奖，得到国际界高度肯定和赞誉。他领衔的眼视光学院教学团队入选教育部首批全国高校黄大年式教师团队。

从2018年开始，在海南自贸港先行区“国九条”政策的指引下，领衔并带领眼科团队在海南博鳌超级医院开展多项眼科药、械和耗材等的临床研究、先行先试，取得了一系列显著性成果，如成功开展了中国第一项真实世界研究，已有两项眼科器械获批上市。

获得2007年度国家科技进步二等奖、2009年度国家科技进步二等奖；

入选首批浙江省特级专家，先后获得浙江省科技进步一等奖，浙江省科学技术重大贡献奖、中华眼科杰出成就奖、中美眼科学会金钥匙奖、中美眼科学会金苹果奖、2018年何梁何利基金科学与技术奖、谈家桢临床医学奖。入选国家“万人计划”教学名师。连续3年入选爱思唯尔中国高被引学者（临床医学）榜单。获评全国卫计系统先进工作者、全国优秀医院院长、全国模范教师、首届最受学生爱戴的大学校长、浙江省功勋教师等称号。

始建于1894年的美国新英格兰视光学院每年在全球范围推举一位对眼视光学发展有特殊贡献的人士，经董事会审定后授予荣誉博士学位。2002年，鉴于瞿佳教授设计并领导的眼视光学教育和医疗体系对中国和对欧美发达国家做出的贡献，美国新英格兰视光学院校长Alan Lewis代表学校董事会授予瞿佳教授：对人类有杰出贡献的荣誉博士，以示对其集领导才能、远见、智慧和热情为一身的品质的肯定。

2009年，温州医学院院长瞿佳以其在眼视光学研究领域卓越成就和首创“眼视光学教育的中国温州模式”进入中国科学院院士增选有效候选人名单。

2013年，第十二届全国人大代表。

2018年11月，获颁何梁何利基金科学与技术奖“医学药学奖”。

2018年11月，获谈家桢临床医学奖获。

2020年2月19日，入选国家健康科普专家库第一批成员名单。

2022年3月，荣获全国十大卓越贡献院管专家称号。

瞿佳教授的名字拆解开是“目目佳佳”，据此，温州医科大学附属眼视光医院设计了卡通人物形象“目目佳教授”。