催化来自糖酵解或其它异化反应的乙酰CoA与草酰乙酸缩合合成柠檬酸反应的酶。因为由乙酰CoA游离出CoA是放能反应（ΔG0′=-7.7千卡），以致平衡趋于生成柠檬酸的方向。

此酶控制三羧酸循环的入口，受到多种调控。它是变构酶，受NADH、 ATP和α-酮戊二酸别构抑制，琥珀酰辅酶A与乙酰辅酶A竞争抑制，AMP可对抗ATP的抑制，起激活作用。

在肝脏和其它组织中成为三羧酸循环的限速步骤，存在于线粒体基质（mit-ochondrial matrix）中。