乾隆十七年（1752年），由于改土归流以后，施南府周边的四川、贵州等地人民接踵而至垦荒，以至于田地纠纷越来越多，于是朝廷下令：以后迁徙到施南府的，必须有原籍地官府发给的执照，来到施南以后立即编入保甲；已经落业的也要编入保甲；老荒山场，禁止开垦。

道光十二年（1832年），裁撤施南府通判。

光绪十六年（1890年），将施南府同知，由利川县建南镇移驻汪营镇。

光绪三十年（1904年），恩施县沙子地农民向燮堂聚众杀死欺侮中国人民的法国神甫，打击了鄂西地区的洋教势力，维护了民族尊严，用鲜血写下了反对外国侵略的光辉一页。史称“施南教案”。

据雍正年间所修会典，湖北承宣布政使管辖16土司，除容美宣慰司后来改为鹤峰州外，其余15土司皆改为施南府疆域：

宣抚司4个：施南土司、散毛土司、忠峒土司、忠建土司；

安抚司7个：东乡土司、忠孝土司、金峒土司、忠路土司、高罗土司、大旺土司、龙潭土司；

长官司4个：唐崖土司、木册土司、蜡壁土司、东流土司。

绘制于康熙年间的《皇舆全揽图》清晰记载了施州卫下辖土司的地理分布情况。土司几乎全部分布于清江干流以南，集中在忠建河、唐崖河、酉水流域；明史中着墨甚少的一些土司出现在了清初的版图之中，如沙溪司、东流司、漫水司等；作为牵制土司的卫所，施州卫、大田所、支罗所鼎足而立。

清同治时期的施南府地图：

施南府隶属于湖北布政司，在省城西南1987里、至京师3700里。

东抵宜昌府之鹤峰州大崖屋交界，距府城220里；东南抵湖南永顺府龙山县殷家坝交界，距府城275里；南抵永顺府龙山县七寨交界，距府城430里；西南抵四川黔江县高家山交界，距府城360里；西抵四川夔府万县龙驹坝交界，距府城218里；西北抵四川石柱厅交界，距府城560里；北抵四川夔州府巫山县五龙观交界，距府城335里；东北抵宜昌府巴东县三尖观交界，距府城225里。

府域东西距538里、南北距765里。

下辖六县：恩施县（附郭）、宣恩县（府南90里）、来凤县（府南270里）、咸丰县（府西240里）、利川县（府西北180里）、建始县（府东120里）。

民国时期的施南地区地图：

雍正十三年（1735）设施南府时，设知府、同知、通判、经历（兼司狱司），其中同知驻宣恩县忠峒（原忠峒土司地），通判驻唐崖（今唐崖土司城址）。忠峒同知于乾隆二十五年（1760）裁撤，改设黄州府之武穴。乾隆三十七年（1772）以宜昌府学训导移设施南。乾隆四十九年（1784）将湖南辰州府同知裁撤，改设捕盗同知，驻利川县建南镇。唐崖通判于道光十二年（1832）闰九月裁撤，所有巡缉捕务由咸丰县接管。

光绪十六年（1890），从湖广总督张之洞奏请，将施南府同知由利川建南镇移设到汪营镇。

道光十二年（1832年）：118795户、902123人。

同治十年（1871年）：180685户、1078838人。

恩施县——

城隍庙、火神庙、马王庙、昭忠祠、武侯祠、童公祠、陈孝子祠。

圆通寺（洪武十四年建）、元妙观、三官祠、魁星楼（嘉庆三年建）、西陵宫、巧圣宫、巴公祠、东岳庙、天后宫、三义宫、郡王宫、水浒庙、开元寺（唐时建、宋淳熙四年重修）、张王庙、五通庙、仁寿宫、南岳庙、白马庙、二郎庙（祭祀李冰父子）、万寿宫、向王庙（归州有东阳人向辅，隋大业初屡次显灵，土人祭祀之。施州此庙不知建何时，康熙年间守备贾进才重修）、桓侯庙、帝主宫、白衣庵、永福庙、石佛寺、三圣宫、乌云观、云台观、龙尖山寺、青峰寺、普济寺、大和观、三龙寺、云台观、龙居寺、玉峰山寺、竹王祠、通明庵、江口寺、倦飞庵、真武庙、禹王宫、黑神庙、磨嵯神庙、大兴庵、金凤山寺、朝阳观、观音阁、青龙观、观音寺、回龙寺、望州观、青云观、白云观、紫云观、宝平观。

宣恩县——

城隍庙、火神庙、昭忠祠、田太翁祠（在高罗司，太翁本司峒长，初土人不知耕凿之利，太翁教之辟田采杉，土人立祠祀之）

万寿宫、禹王宫、魁星楼、南岳宫、节孝祠、萧曹祠、财神庙、太白祠、张王庙、天王庙、观音殿、青龙寺、吕祖寺、马鞍山寺、狮子岩寺、灵岩山寺、回龙寺、福兴寺、东门关寺、朝阳观、佛潭寺、南禅寺。

来凤县——

城隍庙、火神庙、昭忠祠、王公祠（在城内碧秋巷，祭祀殉难知县王颂三，同治二年知县任廷槐奉文修）、天王庙。

朱文公祠（即仰止书院，举人曾有光倡建）、东岳宫、张公祠（乾隆年邑人公建，祭祀知县太康张公冲，为民兴水利者）、王公祠、禹王宫、许真君庙、天后宫、魁星楼、鸣凤楼、灵宫庙、雷神庙、财神庙、水府庙、川主庙（祭祀李冰父子）、鲁班庙、张王庙（相传昭烈入蜀，命桓侯招抚峒蛮，故历来土司祀之甚谨）、黑神庙（祭祀唐睢阳殉难南将军霁云）、飞山庙（祭祀唐诚州刺史杨再思）、三抚宫（相传为三姓土司有惠政，民不能忘，故祭祀之）、乾元寺、大观寺、仙佛寺、兴隆庵（明散毛土司建）、祖师殿、祖元寺、观音阁、回龙观、飞来阁、云台寺、定云庵、玉皇阁、秦古寺、凤凰庵、龙凤观。

咸丰县——

城隍庙、火神庙、马王庙、天王庙。

万寿宫、轩辕宫、禹王宫、奎星阁、雷祖庙、东岳宫、三义庙、张爷庙、川主庙、地主宫、山主宫、三闾宫、三抚庙、巧圣宫、辖神庙、财神庙、镇江庙、八角庙、五通庙、晏公祠、兴国寺、观音寺、延真观、回龙寺、黑池寺、虎溪寺、尖山寺、静乐寺、无边寺、龙洞寺、铁牌寺、朝阳寺、元武寺、大寺堂、兴隆寺、把水寺、白岩庵、板桥寺、灵珠观、海潮寺、天桥寺、玉泉山寺、灵山寺、道宏山寺、龙泉寺、静竹寺、迎水寺。

利川县——

城隍庙、马王庙、火神庙。

万寿宫、禹王宫、轩辕庙、帝王宫、万天宫、罗祖庙、巧圣宫、天后宫、南华宫、财神庙、桓侯庙、麻衣庵、观音阁、寿佛宫、岩洞寺、把水寺、双溪寺、毛坪寺、双峰寺、金字山寺、滴水岩寺、团包寺、钟灵山寺、回龙寺、归源寺、核桃寺、金沙寺、翔凤寺、报国寺、铁炉寨寺、朝阳寺、石峰寺、观音寺、潮音寺、五龙寺、楚藩寺、兴隆寺、福田寺。

建始县——

城隍庙、火神庙、龙神庙。

禹王宫、万寿宫、东岳宫、泰山庙、三义宫、张爷庙、二郎庙、天后宫、蚕神庙、药王庙、汉王庙、伍爷庙、八卦庙、财神庙、晏公庙、观音阁、回龙寺、永兴寺、永寿庵、朝阳观、玉皇阁、云雾观、天鸢观、石柱观（明嘉靖年建）、普恩寺、奎文观、石门寺、五阎庙、祖师殿、飞仙寺、万峰观、兴隆寺、鹰嘴观、潮水寺、牛家观、青龙寺、云台观、五通庙、凤尾观、开元寺、下坝寺、天通观、大红观、小红观、兴隆寺、白云寺、玉洪观、府行寺、复兴寺、云台观、林同寺、水晶宫。

此外，施南府巫医比较流行。（清）抟沙拙老 《闲处光阴》卷下：“（湖北施南府）人率信巫而好讼﹐凡家有病者﹐即延巫作醮﹐锣鼓喧鸣﹐彻夜不止﹐名曰跳端。”

元旦焚香烛祭祀祖先，择吉时吉方，举家出天行至各神庙烧香。亲族交相拜贺，闭门三日，谓之“闭财门”。

上九后，乡城有龙灯戏，杂以狮象鳞鱼，竞出驱疫，至元宵止。元宵食汤圆，近冢家家送灯，远望之如繁星，是夜灯火花爆达旦不休。

惊蛰前夕，画灰于地，像弓矢，谓之“射虫”。

五月五日，悬挂蒲艾于门，饮雄黄酒，以雄黄点小儿额及手足心，采百草熬汤洗澡，捣蒜和雄黄水遍洒门户及墙阴，以辟虫。俗以是日为小端阳，十五为大端阳，是日竞渡龙舟，十五日尤盛。

六月六日，晒衣服书画。

中元节前，以纸线封包或以金银锭装笼，书祖先各名讳，所谓“清明记坟、中元记名”。祭于中庭，男女上食如生三日，焚之于外各庙。做盂兰会，赈济无主孤魂，放莲灯于江，又以香蘸油遍爇山径，谓之“路烛”。

八月中秋，无子者之亲友夜晚去邻居菜园盗窃南瓜，用红绫裹着并奏鼓乐，称为“送瓜”，取其多生男孩的意思。

十二月二十三日，夜晚祭祀灶神，戒妄言。二十四日曰“小年”，也叫“小除日”，打扫屋舍，亲友相馈赠，叫“送年节”。除日阖家聚餐，叫“团年”。

土人以油炸花米、豆干、芝麻、黄豆这些和茶作汤，名叫“油茶”，客人来了就以此献之致敬，宣恩、咸丰、来凤三县旅店中还有专门卖此为生的。

乡俗以冬初煮高粱，酿瓮中，次年夏天灌以水，插竹管于瓮，口吸之，称之为“咂酒”。

明洪武初设置施州卫指挥使司，军队数额4679名。

康熙三年废指挥千百户，设营制，游守各一员，管辖马步战守兵542名。

乾隆元年废施州卫，设施南协副将一员，统兵1577名。

现恩施明清城楼城墙仅残存数段：东门——北至恩施市中医院职工食堂，南至市棉织厂，保存较好；西门——北至西后街26号，南至学田巷13号，保存最为完整；南门——西至学田巷12号，东至城乡街13号，保存较好；北门——东至四维街2号，西至胜利巷14号，残留甚少。另外，西、南城门上“金华”“朝阳”等字尚清晰可认。

太守文公德政碑。是施南府士民为施南府知府（即太守）文麟（号心存，汉军旗正蓝旗，原籍奉天府铁岭县）立的。立于光绪三十年，位于城隍庙前。