2000年6月，当选为中国科学院外籍院士；同年，当选为美国艺术与科学院院士。

2004年，当选为美国国家工程院院士。

2015年，当选为香港科学院创院院士。

崔琦在低维电子体系物理，整数、分数量子霍尔效应强关联电子体系物理研究和量子器件等方面作出了一系列开创性的重大成果。

1982年，在贝尔实验室工作的崔琦与合作伙伴史托马和戈萨德发表了一项重大发现，崔琦和史托马将戈萨德提供的二维电子样品置于极低温度（约0.5K）和极强磁场（数十万倍地球磁场）的环境中，进行霍尔效应的测量。 他们发现了所谓分数量子霍尔效应。拉福林在第二年成功解释了这种现象。 他们的工作令物理学界对电流在磁场中的量子现象有了新的理解，并诱发一连串相关的研究。因此，他们共同获得1998年的诺贝尔物理学奖。

崔琦关心中国科学技术事业的发展。改革开放初期就访华讲学，介绍国际上科学技术的最新研究热点，建议中国开展二维电子系统物理和低维量子体系物理的研究，并推动《中美原子、分子和凝聚态物理研究合作备忘录计划》的实施。

崔琦说：教育是一项长期工程，培养人才不是一天两天，所以教育工作者要把眼光放远，培养学生兴趣爱好，引导孩子们探索科学奥妙，做真正影响孩子一生的启迪者。

崔琦出生时母亲王双贤已41岁，父亲42岁，崔琦排行老四，上面有三个姐姐：崔颖（后改名慧秋）、崔珂、崔璐。

崔琦的妻子琳达是挪威裔美国人，两人相识于奥古斯塔纳学院，后来又在芝加哥大学重逢，他们的两个女儿从小都学过中文。

崔琦温文儒雅，学养深厚，其个人风格既承袭了中国传统文化的温柔敦厚，又兼备现代科技文明的清明理性，自然流露一股雍容大雅的学者风范。 在美国从事教学研究期间，作育英才无数，桃李遍及欧美亚世界各地，曾受其指导的学者分布世界各著名大学和研究机构，并担任教学或研究上之重要职务，他在教育上的贡献无疑是超越国界的。（台湾大学评）

崔琦是促进科学和技术发展的坚定倡导者。（香港科学院评）

崔琦是一位敬业的老师，顾问和导师。其因在实验凝聚态物理学方面的科学发现而享誉国际。（普林斯顿大学评）

2004年，宝丰县政府修复了崔琦旧居，建立了崔琦事迹展厅。崔琦专门从美国寄回诺贝尔颁奖礼盛况、诺贝尔奖牌、与瑞典国王王后合影、全家照等资料，这些地方后来成为当地青少年爱国主义思想教育基地。

2006年5月，中国科学院物理研究所崔琦实验室成立，实验室以普林斯顿大学崔琦教授的名字命名，请崔琦担任名誉主任并指导实验室的发展。

2007年，崔琦捐赠人民币三十五万元，在其家乡河南宝丰县肖旗乡范庄村建造“希望小学”，建成后的小学被命名为“崔琦希望小学”。

2012年6月，崔琦被北京大学聘请为终身教授，并依托北京大学量子材料科学中心成立北京大学崔琦实验室。