不久，又复职都督豫州诸军事，回镇许昌。

泰始六年（270年），司马骏迁任镇西大将军、使持节、都督雍凉等州诸军事，接替被免职的兄长汝南王司马亮镇守关中，加衮冕侍中的服饰。

司马骏善于驾驭属下，有很高的声威和恩泽。他劝课农桑，与士兵一同劳作，规定自将帅以下每人限定要耕田十亩，司马骏把这个方法上表朝廷。司马炎下诏把此规定在所有州县施行，让他们各自劳作农耕。

主词条：秦凉之变

咸宁二年（276年），秃发树机能等人叛乱，司马骏派军讨伐，斩杀三千多人。十月，进拜征西大将军，开府辟召，仪同三司，持节、都督等职如旧。司马炎又下诏命司马骏派七千人接替凉州的守军。

咸宁三年（277年），秃发树机能、侯弹勃等想要先劫走屯田的军队，司马骏立即命平虏护军文鸯都督凉、秦、雍各州的军队各自进驻要害处，来威慑他们，文鸯率军击破树机能，树机能只好和侯弹勃出降，各自派自己的儿子入侍为质。安定、北地、金城诸部的吉轲罗、侯金多以及匈奴的热冏等二十多万人又来降。

同年，司马骏入朝，因他都督关中军事，所以被改封为扶风王。司马炎把在扶风国的羌人增封给司马骏，被授予羽葆、鼓吹。

太康（280年－290年）初年，司马骏被进拜为骠骑将军，开府、持节、都督等职如旧。

司马骏有对母亲伏太妃非常孝顺，太妃随司马骏的兄长司马亮在职，司马骏常常哭泣思念太妃。如果听说太妃生病，常常都担忧的吃不下饭，或者定期前往看望。

太康七年九月戊寅日（286年11月2日），司马骏去世。（《晋书·司马骏传》记载是太康四年（283年）齐王司马攸被排挤出朝廷时，司马骏上表恳切劝谏，因为司马炎不听他的意见，于是发病去世）。朝廷追赠大司马，加侍中、假黄钺，谥号“武”。

司马骏在司马氏家族中被称为“最为俊望”，他少年时就好学，能写出自己的论述，曾经与荀顗讨论仁孝的先后次序，文章的文采有可以称赞的地方。他镇守各地，威恩并著，仁爱留于后世。又上疏朝廷劝课农桑，恢复生产力。在军事上，他派文鸯大破秃发树机能，使得西陲安宁一时。西陲的官民听说司马骏去世后，一路上的人都在为他哭泣，百姓又为他树碑，年长有德望的人见到碑后没有不下拜的。

房玄龄等《晋书》：①“琅邪武功既畅，饰之以温恭，扶风文教克宣，加之以孝行，抑宗室之可称者也。”；②“文宣孙子，或贤或鄙。扶风遗爱，琅邪克己。澹谄凶魁，肜参衅始。干虽静退，性乖恒理。彼美齐献，卓尔不群。自家刑国，纬武经文。木摧于秀，兰烧以薰。”

官职：散骑常侍→步兵、屯骑校尉（散骑常侍如旧）→平南将军、假节、都督淮北诸军事→安东将军→安东大将军→都督豫州诸军事→使持节、都督扬州诸军事→都督豫州诸军事→镇西大将军、使持节、都督雍凉等州诸军事→征西大将军，开府辟召，仪同三司（持节、都督如故）→骠骑将军（开府、持节、都督如故）→大司马，加侍中、假黄钺（赠）

爵位：平阳亭侯→平阳乡侯→平寿侯→东牟侯→汝阴王→扶风王

晋宣帝司马懿

伏太妃

汝南文成王司马亮。

琅邪武王司马伷。

清惠亭侯司马京。

臧氏，司马歆之母，名分不详。

司马骏有十子，《晋书》只记载二子：

新野王司马劭，司马畅之子，因司马歆无子而被过继给他。

《晋书·卷三十八·列传第八》

《资治通鉴》也有记载。