卫元君是魏安釐王的女婿、卫嗣君之子、卫怀君之弟。前252年承袭被杀的卫怀君担任卫国君主。元君是魏国的女婿，所以魏国立了他。元君十二年（前241年），秦攻下魏国东部领土，秦国开始在这一带设置东郡。又把新立的卫君角迁徙到野王县，而把濮阳合并到东郡。二十三年（前230年），元君为秦人所杀。

杨宽考证认为他并非卫嗣君的弟弟，他认为卫元君是卫怀君的弟弟较为可信。