仁爱乡旧称雾社，日据时期隶属于台中州能高郡蕃地，战后于1946年4月1日改设乡，隶属于台中县能高署。1950年10月改隶南投县。

后云南摆夷文化也随着国民党从泰缅边境迁移的外省移民进入本乡，与台湾少数民族文化揉和成为独特的文化景貌。

自2002年起南投仁爱乡乡长尤干．纳甫发起正名运动，希望将仁爱乡改为雾社乡，并将乡内的十五个村落（翠华、力行、发祥、新生、互助、南丰、大同、春阳、精英、合作、亲爱、万丰、法治、中正）回复原有的地名。2013年3月27日上午10时3分发生里氏6.1级地震。台北地区震感强烈。